Align RNA pdb structure ( 叠放RNA三级结构）

1. Theseus program
   Theseus 用的是最大似然算法（Maxium likelihood superpositioning), 核心程序theseus, 脚本程序theseus_align
   -- theseus_align
   使用该脚本前，先修改该脚本的序列比对程序（如将默认的muscle 改成clustalw2，以及theseus程序的位置 ）
   使用方法： 将两个pdb文件放在当前工作目录下，运行： theseus_align -f a.pdb b.pdb
   --theseus
   先用clusalw2做好序列比对，比对结果用 c.aln表示
   theseus -A c.aln *.pdb 命令会将目录下所有pdb文件做align

theseus的输出是一系列相同坐标系的结构文件，将它们逐个加载到VMD或pymol就可以看结构的比较了。

1. VMD的multiseq程序
   将两个分子都加载到VMD程序中
   然后在菜单中选择 Analyze | multiseq
   在Multiseq的菜单中选择Tool｜　StampStructure 可以打开对话框，然后就可以进行align了。