画RNA二级结构

画RNA二级结构
将RNA结构的PDB文件上传到 http://nibiru.tbi.univie.ac.at/forna/ 然后可以得到二级结构的示意图，按着这个示意图，画出由点号和括号组成的二级结构。
在matlab中输入
seq_sam3='GUUCCCGAAAGGAUGGCGGAAACGCCAGAUGCCUUGUAACCGAAAGGGGGAAU'
ss_sam3='..(((((..((((.(((((....)))))....))))....((....))))))).';
rnaplot(ss_sam3, 'sequence', seq_sam3, 'format', 'graph', 'colorby', 'pair')
可以画出线状的配对图。

rnaplot(ss_sam3, 'sequence', seq_sam3, 'format', 'dotdiagram', 'selection', 1:6);
可以画出二级结构图