x3dna中mutate_bases 可以将pdb文件的中的特定碱基突变掉，便于观察
# mutate G2 in chain A of B-DNA 355d to Adenine
mutate_bases 'c=a s=2 m=DA' 355d.pdb 355d_G2A.pdb
# mutate the second base-pair G-C to A-T in 355d
mutate_bases 'c=a s=2 m=DA; c=B s=23 m=DT' 355d.pdb 355d_GC2AT.pdb
# the above also generates file 'mutations.dat'
# and the following command gives the same results
mutate_bases -l mutations.dat 355d.pdb 355d_GC2AT_v2.pdb
# mutate C74 in chain A of tRNA 1evv to U
mutate_bases 'c=A s=74 m=U' 1evv.pdb 1evv_C74U.pdb
# list all bases to be tailored for mutation
mutate_bases -e 355d.pdb stdout

画RNA二级结构
将RNA结构的PDB文件上传到 http://nibiru.tbi.univie.ac.at/forna/ 然后可以得到二级结构的示意图，按着这个示意图，画出由点号和括号组成的二级结构。
在matlab中输入
seq_sam3='GUUCCCGAAAGGAUGGCGGAAACGCCAGAUGCCUUGUAACCGAAAGGGGGAAU'
ss_sam3='..(((((..((((.(((((....)))))....))))....((....))))))).';
rnaplot(ss_sam3, 'sequence', seq_sam3, 'format', 'graph', 'colorby', 'pair')
可以画出线状的配对图。

rnaplot(ss_sam3, 'sequence', seq_sam3, 'format', 'dotdiagram', 'selection', 1:6);
可以画出二级结构图

1. Theseus program
   Theseus 用的是最大似然算法（Maxium likelihood superpositioning), 核心程序theseus, 脚本程序theseus_align
   -- theseus_align
   使用该脚本前，先修改该脚本的序列比对程序（如将默认的muscle 改成clustalw2，以及theseus程序的位置 ）
   使用方法： 将两个pdb文件放在当前工作目录下，运行： theseus_align -f a.pdb b.pdb
   --theseus
   先用clusalw2做好序列比对，比对结果用 c.aln表示
   theseus -A c.aln *.pdb 命令会将目录下所有pdb文件做align

theseus的输出是一系列相同坐标系的结构文件，将它们逐个加载到VMD或pymol就可以看结构的比较了。

1. VMD的multiseq程序
   将两个分子都加载到VMD程序中
   然后在菜单中选择 Analyze | multiseq
   在Multiseq的菜单中选择Tool｜　StampStructure 可以打开对话框，然后就可以进行align了。